1919년 3월 길림에서 결성된 대종교 계통의 독립운동 단체.
1919년 3월 중순경 반일 무장 투쟁을 목적으로 길림시대동문 밖에서 대종교인들이 조직한 무장 독립운동 단체이다.
조국의 독립을 위해 무장 투쟁을 목적으로 설립하였다.
서로 군정서와 북로 군정서에 회원들이 흡수되었다.
길림 군정서는 군자금 모집과 무장 투쟁을 활발하게 전개하였다. 1920년 길림 군정서 특파원 김이량이 국내로 들어와서 군자금 모집을 하다가 체포되어 2년간의 감옥 생활을 하기도 했다.
단장은 유동렬, 총무 최우영이었으며, 고문에 이상룡, 여준, 박찬익, 김좌진 등이었다.
길림 군정서는 무장 투쟁을 표방한 대종교 중심의 독립운동 단체라고 할 수 있다.